Las principales complicaciones de las diferentes cirugías antireflujo son:

- Recidiva del reflujo gastroesofágico: la tasa de recidiva oscila entre 3% y 12%. - Disfagia postoperatoria: generalmente es un problema transitorio. En algunos casos puede requerir dilataciones esofágicas. - Incapacidad para eructar o vómitar y el síndrome de atrapamiento de aire que implica la realización de un reparo muy apretado: 2% a 26%. - Deslizamiento de la funduplicatura: %1 a 7%. - Síndrome de “dumping”: se describe hasta en un 4% de los casos. - Vaciamiento gástrico retardado: puede depender de una lesión de los nervios vagos durante la intervención quirùrgica. - Ulceración gástrica: complicación descrita en la cirugía de Nissen. Su fisiopatología es discutida. - Obstrucción intestinal postoperatoria por bridas: 2.1% a 28%. - Muerte: 1% a 5%.

Las técnicas antireflujo mediante cirugía laparoscópica en niños se encuentran apenas en proceso de evaluación y no es posible aún dar recomendaciones basadas en la evidencia existente.