La mayoría de los pacientes con paladar hendido, presentan sordera o hipoacusia. Como la disfunción de la trompa de Eustaquio es permanente, (no temporal como en la rinitis, síndromes gripales, amigdalitis), la presión negativa del oído medio tiende a retraer la membrana timpánica que se va adhiriendo poco a poco a la cadena de huesecillos e impide su correcto movimiento para transmitir el sonido, lo cual genera hipoacusia conductiva secundaria a las otitis a repetición que se presenta. Esto se puede prevenir o disminuir si se logra una adecuada aireación del oído medio. Para esto se requiere la inserción de unos tubos de drenaje y ventilación en las membranas timpánicas.

Otro concepto muy importante para tener en cuenta en estos pacientes es la hipertrofia de amígdalas y adenoides, que ocurre como compensación para llenar el vacío existente, debido a la fisura palatina. Este es uno de los pocos casos de contraindicación absoluta de amigdalectomía y adenoidectomía por infección crónica. Los cuadros amigdalianos agudos se pueden manejar médicamente. La insuficiencia velofaríngea que se agrava al extraer las amígdalas y las adenoides, puesto que aumenta el espacio retrofaríngeo, sólo puede compensarse parcialmente con otras cirugías, de gran complicación y con resultados foniátricos muy pobres.

Por lo tanto, en pacientes con paladar hendido, así sea submucoso, no debe realizarse amigdalectomía y adenoidectomía, por las complicaciones foniatricas severas que se producen al crear un gran espacio faríngeo, con escape a través de la nariz, lo que causa hipernasalidad severa.