La corrección de las cardiopatías congénitas comenzó en agosto de 1938 cuando en Boston, Robert Gross ligó con éxito un conducto arterioso persistente en una niña de 7 años. Más tarde el mismo Gross describió el cierre del conducto arterioso con la sección y sutura de los cabos.

En 1944, Clarence Crafoord en Suecia corrigió la primera coartación de la aorta, seguido un año más tarde por Robert Gross en Boston. Este mismo año, Helen Taussig y Alfred Blalock en Baltimore desarrollaron un procedimiento paliativo para los pacientes con tetralogía de Fallot, conocidos como los niños azules, en el cual anastomosaron la arteria subclavia izquierda a la rama arterial pulmonar ipsilateral, para aumentar de esa manera el flujo pulmonar y mejorar la oxigenación de la sangre. Hasta entonces no había sido posible realizar correcciones de anomalías intracardíacas debido a que aún no se desarrollaba un método para detener el corazón y mantener vivo el paciente.

La primera cirugía intracardiaca exitosa la realizó John Lewis en Minnesota en septiembre de 1952 al cerrar una comunicación interauricular en una niña de 5 años. En marzo de 1954, Walter Lillihei en Minnesota, corrigió en un lactante un defecto del tabique interventricular y en mayo de ese año el mismo defecto en una niña de 10 años utilizando una técnica conocida como la circulación cruzada.

Desde 1935, John Gibbon trabajó en una máquina que derivaba, oxigenaba y recirculaba la sangre del paciente, lo que permitió realizar de una manera segura la cirugía cardíaca. Basados en los estudios de Gibbon se desarrollaron máquinas de circulación extracorpórea que permitieron a Walter Lillihei y a John Kirklin en la Clínica Mayo la corrección de la tetralogía de Fallot y el canal aurículo-ventricular durante los años siguientes.

En 1959, Ake Senning y en 1964, Mustard, describieron dos técnicas diferentes para la reorientación de los flujos sanguíneos a nivel auricular para la corrección de la transposición de grandes arterias. En 1975, Adib Jatene en Brasil, practicó la primera corrección exitosa de esta anomalía mediante la recolocación de los troncos arteriales en sus respectivos ventrículos y el reimplante de las arterias coronarias.

Desde entonces se han desarrollado múltiples procedimientos quirúrgicos para corregir cardiopatías de complejidad cada vez mayor.